6.1 運行系統的管理
制定出系統的管理規程并嚴格執行，整體調控系統、運行系統和監測系統必須設專人管理。
6.2 維護性管理
整個潔凈設備系統需設專門維修人員進行精心維護和修理，制定出有效可行的措施。（1）通風罩應每周清潔處理1次。（2）通風機的狀況應每周檢測。（3）過濾設備定期檢查、維修和保養，以保證過濾設備的正常運轉與良好性能。初、中效過濾器每隔30天檢測一次，并用洗滌劑清洗，備用一套，以備清洗時使用。根據使用情況，初、中效過濾器應該每隔3～6個月更換一次，在更換前過濾器應是干的。在未裝初、中效過濾器前設備不能運行，這樣才能延長價格較貴的過濾器的使用壽命。同時，潔凈室周圍環境的清潔、空調送風過濾系統的正常運行和嚴格的使用管理規范，也是延長空氣過濾器使用壽命的關鍵。（4）風淋室運行2年后，應檢查進出門的密封性。
6.3 機房的管理
專人管理，控制凈化空調設備的運行和停止。清掃并保持機房衛生。對凈化手術室運行情況進行記錄。
手術室的污染源主要有來自外部和來自手術室內部的兩部分：
1、來自外部的污染源主要是送到手術室的新風。具統計室外空氣中的細菌和微生物的數量大約為1-1000個/英尺3，而且這些細菌和微生物大多都附著在灰塵粒子上，不同地區的污染程度也不相同。
2、來自潔凈手術室內部的污染源，主要是手術的醫生和護士、手術的患者以及手術過程的產菌產塵。
內部污染源是手術醫生、醫生和護士等人，他們的衣服、皮膚和呼吸都會產生大量的塵埃和細菌，產生灰塵和細菌的數量與他們的著裝、動作的強度和頻度、醫生的技能、消毒的程度以及管理的水平有關。因此，進入手術室的醫護人員除穿貼身內衣外要全部更換手術室的服裝、帽子、口罩和鞋。
帽子要把頭發全部覆蓋并盡量減少外露的皮膚，手術的動作要輕，手術器械的傳遞要穩、準。
潔凈室又可稱作無塵室（Cleanroom），通常用作工業生產或科學研究的一部分，包括制造藥品，集成電路，CRT，LCD，OLED和microLED顯示器等。潔凈室的設計是為了保持ji低水平的微粒，如灰塵，空氣中的生物體，或汽化的微粒。確切地說，潔凈室有一個受控的污染水平，該水平由在的顆粒尺寸下每立方米的顆粒數來規定。潔凈室也可指任何給定的容納空間，在該空間中設置了減少微粒污染和控制其他環境參數，如溫度，濕度和壓力。
在藥學意義上，潔凈室是指符合GMP無菌規范（即EU和PIC/S GMP指南附件1以及當地衛生當局要求的其他標準和指南）中定義的GMP規范要求的房間，是將普通房間轉換為潔凈室所需的工程設計、制造、完成和操作控制（控制策略）的組合。
很多行業會使用無塵室，只要是小顆粒會對生產過程產生不利影響的地方都會有潔凈室的身影。它們的尺寸和復雜度各不相同，廣泛應用于半導體制造，制藥，生物技術，和生命科學等行業，以及航空航天，光學，和能源部中常見的關鍵工藝制造。
潔凈室通過使用HEPA或ULPA過濾器，采用層流（單向流）或湍流（亂流，非單向流）氣流原理，來控制空氣中的顆粒。層流或單向氣流系統將過濾的空氣以恒定的流向下或水平方向引導到位于潔凈室地板附近墻壁上的過濾器，或通過凸起的穿孔地板板進行再循環。
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