為避免提取的核酸在柜內反復循環，造成標本之間的交叉污染，出現假陽性結果，該區域配備的生物安全柜必須是B2型的。生物安全柜工作區垂直氣流全部來自實驗室，排風經過過濾器(www.rfilter.com)過濾后直接排至室外，不允許回到安全柜和實驗室中。
根據經驗，如果實驗室內配備生物安全柜，每配備一臺，實驗室的面積增加10m2;標本制備區的面積宜在25m2~30m2之間。本區的壓力梯度要求為:相對于鄰近區域為正壓，以避免從鄰近區進入本區的氣溶膠污染。
擴增室該區域主要進行的操作為DNA或cDNA擴增。此外，已制備的DNA模板和合成的cDNA(來自樣本制備區)的加入和主反應混合液(來自試劑貯存和制備區)制備成反應混合液等也可在本區內進行。
在巢式PCR測定中，通常在輪擴增后必須打開反應管，因此巢式擴增有較高的污染危險性，第二次加樣必須在本區內進行。
擴增室主要配備PCR實驗室的核心儀器PCR儀，本文實例中使用了ABI7500和ABI9700兩種PCR儀。
在實驗室建造過程中，需要給PCR儀配備專門的UPS電源，以保證其正常工作。該區面積控制在15m2~20m2。
本區的壓力梯度要求為:相對于鄰近區域為負壓，以避免氣溶膠從本區漏出。為避免氣溶膠所致的污染，應盡量減少在本區內的不必要的走動。個別操作如加樣等應在超凈臺內進行。建議采用5~10Pa壓差，在控制上比較容易實現。
《國家中長期科學和技術發展規劃綱要(2006-2020）》明確提出了“藍天工程”，加大力度支持工業污染廢氣治理技術與裝備的研發，并落到實處，確保有效遏制目前大氣環境日益惡化的勢頭。PCR實驗室凈化中，國家科技部下發的《“十二五”綠色建筑科技發展專項規劃》也明確做出要求，要重點開發建筑室內無二次污染的材料和產品，研究室內空氣凈化系統和無污染產品工程應用技術。
使用一定濃度的空氣負離子來凈化空氣并進行消毒，因為負離子容易被空氣中的微小污染物顆粒吸附并變成帶電的大離子。沉落在地面等的表面，從而使空氣得到凈化。
其PCR實驗室凈化的消毒方式除了紫外線照射、凈化空氣送風以外，可以在本次使用結束以后，以及下次使用之前，用消毒液擦拭。一般不采用臭氧消毒的方式。
通常，實驗中的污染物來源是多種多樣的，每種預防方法的性能都有自己的優勢，針對不同的污染源正確地選擇預防的方式，并將各種消毒方式與PCR實驗室凈化結合使用，各取所長，才能有效地達到預防實驗污染的目的。如果只重視實驗前的污染物去除，忽視了實驗過程中的污染物，錯誤地使用甚至不使用空氣凈化裝置，就不能達到實驗所要求的PCR實驗室凈化條件，增加實驗中污染的危險。
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