實驗結束后應該對操作臺面，儀器，實驗用具及環境進行清潔，這對污染的控制尤為重要。
1、實驗后所有的試劑按照要求進行存放，廢料和廢液及時清理，避免存放過多和過久，廢液缸用有效氯含量為2000mg/L消毒水浸泡消除核酸污染；
2、離心管架、試管架等可重復使用的物品浸泡到500mg/L 的消毒液中過夜，第二天用清水清洗后晾干使用；
3、對各區的生物安全柜、潔凈工作臺先用75%酒精或者500mg/L 的消毒液擦拭后采用紫外燈進行消毒處理；
4、配制含有效氯500mg/L的消毒液對設備表面、臺面、地面、物品表面、傳遞窗內及門窗進行擦拭，再用純化水對設備表面、臺面、進行擦拭，避免消毒液對實驗器具的腐蝕，儀器如核酸提取儀采用內部紫外消毒程序進行照射；
5、操作臺面使用移動紫外消毒車近距離輻照1小時，應使燈管距離工作區的距離在60-90cm；實驗室內則使用室內紫外燈整晚輻照。
盡管擴增序列的殘留污染大部分是假陽性反應的原因，樣品間的交叉污染也是原因之一。因此，不僅要在進行擴增反應是謹慎認真，在樣品的收集、抽提和擴增的所有環節都應該注意：
1.戴一次性手套，若不小心濺上反應液，立即更換手套；
2.使用一次性吸頭，嚴禁與PCR產物分析室的吸頭混用，吸頭不要長時間暴露于空氣中，避免氣溶膠的污染；
3.避免反應液飛濺，打開反應管時為避免此種情況，開蓋前稍離心收集液體于管底。若不小心濺到手套或桌面上，應立刻更換手套并用稀酸擦拭桌面；
4.操作多份樣品時，制備反應混合液，先將dNTP、緩沖液、引物和酶混合好，然后分裝，這樣即可以減少操作，避免污染，又可以增加反應的度；
5.加入反應模板，加入后蓋緊反應管；
6.操作時設立陰陽性對照和空白對照，即可驗證PCR反應的可靠性，又可以協助判斷擴增系統的可信性；
7.盡可能用可替換或可高壓處理的加樣器，由于加樣器受產物氣溶膠或標本DNA的污染，使用可替換或高壓處理的加樣器。
如沒有這種特殊的加樣器，至少PCR操作過程中加樣器應該，不能交叉使用，尤其是PCR產物分析所用加樣器不能拿到其它兩個區；
8.重復實驗，驗證結果，慎下結論。
無塵車間相對來說是一個特殊的空間，對于各行各業生產加工或者，對于室內空間都有特別嚴格的要求；沒有得到相關的允許和準備，根本進不去。那要進入無塵車間的人員需要具備什么資格呢？
一、嚴禁未經核準人員進入無塵車間；
二、進入無塵車間人員需遵守潔凈室之安全規定；
三、尚未被認可的員工、外賓及承攬商須進入無塵車間者，應先報備申請批準，并應有合格人員陪同在場始得進入；
四、經訓練合格及主管審核后之人員得進入無塵車間；
五、凡違反上述規定給公司造成的經濟上損失者將根據損失情況，給予相應處罰。如因原因特殊需進入無塵車間的人員，需要進行以上資格申請。
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