現實生活中，我們可以通過開窗通風、佩戴口罩等防護用品來降低氣溶膠傳播風險。類似地，目前PCR實驗室主要通過以下措施來防范和控制實驗室污染：
（1）建設獨立的PCR實驗室，按試劑準備區、樣本制備區、擴增及產物分析區進行嚴格分區，把低污染風險操作和高污染風險操作在空間上隔離開來。
（2）打造專門的負壓通風系統，控制實驗室空氣從低風險區向高風險區單向流動，避免保存試劑被一次性全部污染。
（3）制定嚴格的實驗室管理條例，控制人員物品單向流動，要求操作人員全程嚴格進行360度無死角全身防護。
（4）抬高實驗人員門檻，需要經過上級單位規范培訓、考核并獲得“PCR上崗證”的人員方能上崗工作。
（5）PCR反應液分裝保存，減少重復加樣次數，降低試劑被污染風險。
（6）在PCR試驗中加入內標、陰陽性對照等質控，監測檢測結果，避免出現假陰性或假陽性。
（7）實驗室溫度控制在18~27℃，濕度控制在30%~70%。
（8）定期使用75%乙醇、含氯消毒劑和核酸去除劑及紫外線照射進行消毒等。
樣本間交叉污染
主要是在采（取）樣的過程中，由于取樣工具之間的交叉造成污染；或者在核酸提取的過程中，由于移液器、離心管等使用不當導致的污染。
PCR試劑的污染
主要是在PCR試劑配制過程中，由于移液器、容器、陰性對照及其它試劑被核酸模板或陽性對照污染。
質粒的污染
在實驗室操作中經常會用到陽性參考品，這些陽性參考品大多數是由某些質粒制作而成，質粒在單位容積內濃度高，不小心使用極易造成污染。
PCR擴增產物污染
這是PCR反應中常見的污染問題。因為PCR產物拷貝量大，遠遠高于PCR檢測數個拷貝的極限，所以極微量的PCR產物污染，就可造成假陽性結果。還有一種容易忽視，可能造成PCR產物污染的形式是氣溶膠污染，在空氣與液體面摩擦時就可形成氣溶膠，據計算一個氣溶膠顆粒可含4.8萬拷貝，因而由其造成的污染是一個值得特別重視的問題。
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