PCR實驗室設計的問題是如何避免污染。在實際工作中，常見的有以下幾種污染類型:擴增產物的污染;天然基因組DNA的污染;試劑的污染以及標本間的污染。因此要避免污染，首先應是預防，而不是排除。
工作區域的嚴格劃分，各個實驗區域要有明顯的標記(如醒目的門牌或不同的地面顏色等)，以避免各個不同實驗區域設備物品、試劑等發生混淆。
合理的系統設置，合理的空調通風系統設置，盡量采用全送全排的空調系統;嚴格的氣流壓力控制，保證不同的實驗區內不同的壓力要求。
規范的操作，臨床基因擴增檢驗實驗室的技術人員必須進行上崗培訓，在實驗操作過程中，操作者必須戴手套，并經常更換。清潔工作及時、正確。實驗工作結束后，必須立即對本區進行清潔。
嚴格的管理:嚴格控制進出實驗室的人員。在各個實驗區域使用帶有明顯區別標志的工作服(如不同顏色)，當工作人員離開時不得將本區的工作服帶至其它區域;盡量減少在實驗區內不必要的走動以減少交叉污染的可能性。擴增產物分析區是的擴增產物污染來源，廢液不能在實驗室中傾倒，必須經消毒液浸泡消毒后在遠離實驗室的地方棄掉，用過的吸頭等一次性材料也應經消毒液浸泡消毒后統一處理，如焚燒等。總之，實驗室建設是一個復雜的問題，這里不討論人員的問題，實驗室人員的培養與沉淀，也需要一個過程，在建設的過程中要因地制宜，不要生搬硬套，結合自己的實際慢慢摸索出適合自己發展的建設思路。科學合理建設實驗室，更好的發揮實驗室的作用。
1.進入各工作區域應當按照單一方向進行，即試劑儲存和準備區→標本制備區→擴增區→擴增產物分析區。
2.各區域的設備、清潔用具標記明確，不得混用。
3.各區域的衣服用不同顏色標記，離開各區域時不得將工作服帶出。
4.試驗臺用移動式紫外線燈消毒，高度60-90cm。擴增區延長照射時間，是過夜照射。同時各區域還需安裝懸掛式紫外線燈管。
5.各試驗區盡量避免不必要的走動和進出，減少風險。
6.擴增產物分析區可能會用到某些可致基因突變和有毒物質，應特別注意實驗人員的安全防護。
凈化板又被稱為潔凈板，由彩涂板、不銹鋼等材質作為面材復合板，因具有的防塵、防靜電、效果，可廣泛應用于電子、制藥、食品、生物、航天航空、精密儀器制造、科研等對室內環境要求苛刻的凈化工程領域。
同時也有人將凈化板稱為自結板，不同區域都有著不同稱呼，為什么我們說凈化板是復合板材呢？因它是一種夾芯板，上下兩面是彩涂板，中間為夾心物，可以是巖棉，硅酸鹽，硫氧鎂。
凈化板的種類主要以彩鋼巖棉、玻鎂中空、硅酸鹽、硫氧鎂、不銹鋼、鍍鋅、手工等。整體特點主要體現在防火，防潮，耐腐蝕方面。當然一提到凈化板，就少不了和凈化板配套的鋁型材，還有鉚釘等輔件。
現在，國家對、食品廠的環境要求都比較嚴格，更多的商家開始采用凈化板，這也是行業趨勢。
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