PCR擴增檢驗實驗室原則上分為四個單獨的工作區域：試劑貯存和準備區、標本制備區、擴增反應混合物配制和擴增區、擴增產物分析區。為避免交叉污染，進入各個工作區域必須嚴格遵循單一方向進行，即只能從試劑貯存和準備區→標本制備區→擴增反應混合物配制和擴增區→擴增產物分析區。 各實驗區之間的試劑及樣品傳遞應通過傳遞窗進行。
臨床PCR實驗室設計的“16字口訣”：各區獨立、注意風向、因地制宜、方便工作。
(1)在物理空間上，必須是完全相互獨立的，各 區域無論是在空閑還是在使用中，應始終處于 完全的分隔狀態; (2)不能有空氣的直接相通。
①臨床標本中存在的大量待測微生物或待測靶核酸
②科研中得到的質粒
③以前分析研究的特定微生物或靶核酸
④大量存在于實驗環境中的特定微生物或靶核酸
⑤以前擴增產物的殘留污染,這也是 PCR 實驗室產生的將造成假陽性的“污染”。
PCR擴增可以引起實驗室中擴增產物的累積,通常一次典型的PCR
擴增可以產生109拷貝的靶序列,如果氣溶膠化,甚至的氣溶膠都會含有106拷貝的擴增產物。如果不加以控制,在短期內累積的氣溶膠化的擴增產物即會污染實驗室中的試劑、儀器設備和通風系統,從而造成嚴重的實驗室“污染”,出現大量的假陽性結果。
PCR實驗室應相對獨立，盡量避免與其他普通實驗套疊或者有通道上的交叉。看過一個圖，他們的PCR實驗室設置在檢驗科的里面，醫廢和標本的運送要穿過檢驗科的整個走廊，這種情況、物流、污物均在同一個通道，風險較高，應盡量避免。
設置區域：
PCR實驗室應設置以下區域：試劑儲存和準備區、標本制備區、擴增區、擴增產物分析區。這個4個區域在物理空間上必須完全獨立，各區域無論是空間上還是在使用中，應當始終處于完全的分割狀態，不能有空氣的直接相通。根據使用儀器的功能，區域可以適當合并。每個區域間設置傳遞窗，要求一側打開時另一側無法打開。4個區域應設置獨立的緩沖間，應設置可以通到四個操作區域的PCR走廊，在進入各區域前，應設置更衣間，每個區域的衣服可用不同顏色進行區分，在清潔區應設置洗澡間、衛生間、值班室。還應考慮到醫廢和標本的運送通道。
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