PCR實驗室設計的問題是如何避免污染。在實際工作中，常見的有以下幾種污染類型:擴增產物的污染;天然基因組DNA的污染;試劑的污染以及標本間的污染。因此要避免污染，首先應是預防，而不是排除。
工作區域的嚴格劃分，各個實驗區域要有明顯的標記(如醒目的門牌或不同的地面顏色等)，以避免各個不同實驗區域設備物品、試劑等發生混淆。
合理的系統設置，合理的空調通風系統設置，盡量采用全送全排的空調系統;嚴格的氣流壓力控制，保證不同的實驗區內不同的壓力要求。
規范的操作，臨床基因擴增檢驗實驗室的技術人員必須進行上崗培訓，在實驗操作過程中，操作者必須戴手套，并經常更換。清潔工作及時、正確。實驗工作結束后，必須立即對本區進行清潔。
嚴格的管理:嚴格控制進出實驗室的人員。在各個實驗區域使用帶有明顯區別標志的工作服(如不同顏色)，當工作人員離開時不得將本區的工作服帶至其它區域;盡量減少在實驗區內不必要的走動以減少交叉污染的可能性。擴增產物分析區是的擴增產物污染來源，廢液不能在實驗室中傾倒，必須經消毒液浸泡消毒后在遠離實驗室的地方棄掉，用過的吸頭等一次性材料也應經消毒液浸泡消毒后統一處理，如焚燒等。總之，實驗室建設是一個復雜的問題，這里不討論人員的問題，實驗室人員的培養與沉淀，也需要一個過程，在建設的過程中要因地制宜，不要生搬硬套，結合自己的實際慢慢摸索出適合自己發展的建設思路。科學合理建設實驗室，更好的發揮實驗室的作用。
盡管擴增序列的殘留污染大部分是假陽性反應的原因，樣品間的交叉污染也是原因之一。因此，不僅要在進行擴增反應是謹慎認真，在樣品的收集、抽提和擴增的所有環節都應該注意：
1.戴一次性手套，若不小心濺上反應液，立即更換手套；
2.使用一次性吸頭，嚴禁與PCR產物分析室的吸頭混用，吸頭不要長時間暴露于空氣中，避免氣溶膠的污染；
3.避免反應液飛濺，打開反應管時為避免此種情況，開蓋前稍離心收集液體于管底。若不小心濺到手套或桌面上，應立刻更換手套并用稀酸擦拭桌面；
4.操作多份樣品時，制備反應混合液，先將dNTP、緩沖液、引物和酶混合好，然后分裝，這樣即可以減少操作，避免污染，又可以增加反應的度；
5.加入反應模板，加入后蓋緊反應管；
6.操作時設立陰陽性對照和空白對照，即可驗證PCR反應的可靠性，又可以協助判斷擴增系統的可信性；
7.盡可能用可替換或可高壓處理的加樣器，由于加樣器受產物氣溶膠或標本DNA的污染，使用可替換或高壓處理的加樣器。
如沒有這種特殊的加樣器，至少PCR操作過程中加樣器應該，不能交叉使用，尤其是PCR產物分析所用加樣器不能拿到其它兩個區；
8.重復實驗，驗證結果，慎下結論。
凈化車間改造隨著環境科學、食品科學、凈化工程技術設計要求進行改造，通常無塵車間改造都是高度為3m的舊廠房，面積、形狀與實際需求差異大，所以不能按照常規安裝風管。
人們對健康開始逐漸重視起來，與此同時隨著科學的進步，大量的新觀念與新技術被應用于接受，這為改善凈化車間的潔凈環境創造了良好的條件，特別是對于醫院手術室食品光電的設計提出了新的要求高校潔凈凈化車間的空氣處理方式也已經被提上日程。
在凈化車間的設計中，凈化建設設計是重要的構成部分，相關工作人員提醒大家：在凈化車間時，一定要格外注意……
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