1、主體結構：
主體為彩鋼板、鋁合金型材。室內所有陰角、陽角均采用鋁合金50內圓角鋁，從而解決容易污染、積塵、不易清掃等問題。結構牢固，線條簡明，美觀大方，密封性好。
2、標準的三區分隔和氣壓調節：
將PCR過程分成試劑準備、標本制備和PCR擴增檢測三個獨立的實驗區。整個區域有一個整體緩沖走廊。每個獨立實驗區設置有緩沖區，同時各區通過氣壓調節，使整個PCR實驗過程中試劑和標本免受氣溶膠的污染并降低擴增產物對人員和環境的污染。
可打開緩沖區Ⅰ，緩沖區Ⅱ和 PCR 擴增區的排風扇往外排氣，在實驗區的外墻上和各扇門上都安裝有風量可調的回風口，空氣通過回風口向室內換氣。
3、 消毒：
在三個實驗區和三個緩沖區頂部以及傳送窗內部安裝有紫外燈，供消毒用。在試劑準備區和標本制備區 還設置移動紫外線燈，對實驗桌進行局部消毒。
4、機械連鎖不銹鋼傳遞窗：
試劑和標本通過機械連鎖不銹鋼（不建議使用電子連鎖方式）傳遞窗傳遞，保證試劑和標本在傳遞過程中不受污染（人物分流）
5、 地面
地面建議使用PVC卷材地面或自流坪地面，整體性好。便于進行清掃，耐腐蝕。沒有條件的也可采用水磨石地面，或大塊的瓷磚（至少800mm×800mm）接縫需要小于2mm。
6、照明
燈具要選用凈化燈具，能達到便于清洗、不積塵的特點。
1.實驗室空調通風系統設計及壓力控制
PCR實驗室并沒有嚴格的凈化要求，但是為避免各個實驗區域間交叉污染的可能性，宜采用全送全排的氣流組織形式。同時，要嚴格控制送、排風的比例以保證各實驗區的壓力要求。
2.污染的預防與控制
PCR實驗室設計的問題是如何避免污染。在實際工作中，常見的有以下幾種污染類型：擴增產物的污染；天然基因組DNA的污染；試劑的污染以及標本間的污染。由于一旦發生污染，實驗就必須停止，直到找到污染源為止，而且實驗結果必須作廢，需重新進行實驗。所以發生污染后再圍繞實驗室來尋找污染源不但耗時而且繁瑣，浪費人力物力。因此要避免污染，首先應是預防，而不是排除。
在一般情況下，高粉塵含量會致使干凈度降低，而低粉塵含量容易導致潔凈度。在凈化車間的建設合同中，通常只會基本的空狀態測試，而因時間緊迫，經常錯過靜態和動態測試。但仍建議承建商和業主在靜態和動態條件下都對凈化車間進行測試。可有效保證凈化車間的建造符合相關設計要求。在靜態和動態兩種不同條件下的測試結果對比，分析凈化車間存在的問題，并提供有效幫助。例如：在靜態條件下，潔凈度達標，但到了動態條件下，卻超標。
因凈化車間管理措施發生失誤而致使：安裝機器時，不標準的清潔，不恰當的清潔程序，不嚴格的紀律管理，不正確的機器放置位置（將回風口擋住，或對過濾器的送風阻斷）等。因此，建議在空態和動態時，都要對凈化車間進行測試。
所有的凈化車間測試，基本都是基于國際認可標準上。 這些標準和實踐為凈化工廠的測試和認證提供了基本指導。事實上，凈化車間的業主和承建商因產品，工藝要求對技術指標，測試方式，驗收標準有著不同協議。因此，很多驗收標準由凈化車間的業主和承建商通過協商，并參考凈化車間測試認證公司的建議達成協議。
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