PCR實驗室應相對獨立，盡量避免與其他普通實驗套疊或者有通道上的交叉。看過一個圖，他們的PCR實驗室設置在檢驗科的里面，醫廢和標本的運送要穿過檢驗科的整個走廊，這種情況、物流、污物均在同一個通道，風險較高，應盡量避免。
設置區域：
PCR實驗室應設置以下區域：試劑儲存和準備區、標本制備區、擴增區、擴增產物分析區。這個4個區域在物理空間上必須完全獨立，各區域無論是空間上還是在使用中，應當始終處于完全的分割狀態，不能有空氣的直接相通。根據使用儀器的功能，區域可以適當合并。每個區域間設置傳遞窗，要求一側打開時另一側無法打開。4個區域應設置獨立的緩沖間，應設置可以通到四個操作區域的PCR走廊，在進入各區域前，應設置更衣間，每個區域的衣服可用不同顏色進行區分，在清潔區應設置洗澡間、衛生間、值班室。還應考慮到醫廢和標本的運送通道。
1.進入各工作區域應當按照單一方向進行，即試劑儲存和準備區→標本制備區→擴增區→擴增產物分析區。
2.各區域的設備、清潔用具標記明確，不得混用。
3.各區域的衣服用不同顏色標記，離開各區域時不得將工作服帶出。
4.試驗臺用移動式紫外線燈消毒，高度60-90cm。擴增區延長照射時間，是過夜照射。同時各區域還需安裝懸掛式紫外線燈管。
5.各試驗區盡量避免不必要的走動和進出，減少風險。
6.擴增產物分析區可能會用到某些可致基因突變和有毒物質，應特別注意實驗人員的安全防護。
盡管擴增序列的殘留污染大部分是假陽性反應的原因，樣品間的交叉污染也是原因之一。因此，不僅要在進行擴增反應是謹慎認真，在樣品的收集、抽提和擴增的所有環節都應該注意：
1.戴一次性手套，若不小心濺上反應液，立即更換手套；
2.使用一次性吸頭，嚴禁與PCR產物分析室的吸頭混用，吸頭不要長時間暴露于空氣中，避免氣溶膠的污染；
3.避免反應液飛濺，打開反應管時為避免此種情況，開蓋前稍離心收集液體于管底。若不小心濺到手套或桌面上，應立刻更換手套并用稀酸擦拭桌面；
4.操作多份樣品時，制備反應混合液，先將dNTP、緩沖液、引物和酶混合好，然后分裝，這樣即可以減少操作，避免污染，又可以增加反應的度；
5.加入反應模板，加入后蓋緊反應管；
6.操作時設立陰陽性對照和空白對照，即可驗證PCR反應的可靠性，又可以協助判斷擴增系統的可信性；
7.盡可能用可替換或可高壓處理的加樣器，由于加樣器受產物氣溶膠或標本DNA的污染，使用可替換或高壓處理的加樣器。
如沒有這種特殊的加樣器，至少PCR操作過程中加樣器應該，不能交叉使用，尤其是PCR產物分析所用加樣器不能拿到其它兩個區；
8.重復實驗，驗證結果，慎下結論。
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