1、清理廢液缸并且對廢液缸用有效氯含量為 2000mg/L 消毒水浸泡消除核酸污染；
2、用有效氯含量為 2000mg/L 消毒水對移液進行擦洗，關鍵部位為移液前端易污染部位，清潔干凈后用潔凈水再擦拭一遍；
3、將離心管架、擴增管架、擴增管架底板、吸嘴盒及其他相關物品用有效氯含量為 500mg/L 的消毒水浸泡 2 小時后，用清水沖洗干凈晾干后使用；
4、對污染區域內的設備如擴增儀、全自動提取儀等，使用核酸氣溶膠污染清除劑進行反復處理；對生物安全柜等含有空氣過濾系統的設備，需更換過濾網；
5、用有效氯含量為 500mg/L 的消毒液對整個實驗室（地板、墻面、天花板、門、窗戶等地方）進行清潔，并且用用有效氯含量為 1000mg/L的消毒水對實驗室進行噴霧消毒(重點部位為操作區)，有效降解空氣中的氣溶膠與附著在實驗臺表面的核酸污染；同時加大通風量（內循環無用，盡可能外循環）；
6、待污染區域及設備器件清理完成后，常用設備和操作臺面使用移動紫外消毒車近距離輻照1小時；實驗室內則使用室內紫外燈整晚輻照。
步驟1- 6 必須堅持每天進行，確保消除實驗室污染；
1.實驗室空調通風系統設計及壓力控制
PCR實驗室并沒有嚴格的凈化要求，但是為避免各個實驗區域間交叉污染的可能性，宜采用全送全排的氣流組織形式。同時，要嚴格控制送、排風的比例以保證各實驗區的壓力要求。
2.污染的預防與控制
PCR實驗室設計的問題是如何避免污染。在實際工作中，常見的有以下幾種污染類型：擴增產物的污染；天然基因組DNA的污染；試劑的污染以及標本間的污染。由于一旦發生污染，實驗就必須停止，直到找到污染源為止，而且實驗結果必須作廢，需重新進行實驗。所以發生污染后再圍繞實驗室來尋找污染源不但耗時而且繁瑣，浪費人力物力。因此要避免污染，首先應是預防，而不是排除。
需要注意以下問題：
實驗室使用的基因擴增儀，熒光定量PCR儀都是高精度儀器。一旦儀器出現一些溫度或者檢測上的小偏差，則很可能對實驗結果產生較大的影響。因此，學會日常保養和維護是尤為重要的。
1、儀器安置
儀器應安放在濕度較低、灰塵較少并遠離水源和熱源的地方，無腐蝕性氣體或強磁場干擾。
環境溫度建議在18~35℃之間。儀器之間應保持50cm 以上距離，降低儀器之間的影響。
2、樣品臺、熱蓋定期清潔
用95%乙醇配合棉簽、無塵布等工具，清潔樣品臺。之后運行PCR儀，設定保持溫度為50℃，約5~10min，讓殘余液體揮發去除。另外，熱蓋也應該用酒精或純水定期清洗，確保熱蓋清潔，溫控性能良好。對于熒光定量PCR，清潔樣品臺和熱蓋的同時，去除灰塵等雜物，保證光路清潔，降低信號干擾。
3. 使用前預熱
老款的PCR儀的性能比不上新款儀器，使用前需要進行預熱，不僅對儀器維護有好處，還能節約實驗時間。新款的儀器升溫快，但還是建議能在進行實驗前預熱2min，這樣可以有效延長儀器的使用壽命。
4. 定期運行維護
1.PCR儀器需要定期檢測，視制冷方式而定一般半年至少一次。
2.PCR反應的要求溫度與實際分布的反應溫度是不一致的，當檢測發現各孔平均溫度差偏離設置溫度大于1～2℃時，可以運用溫度修正法糾正PCR實際反應溫度差。
3.PCR反應過程的關鍵是升、降溫過程的時間控制，要求越短越好，當PCR儀的降溫過程超過60s，就應該檢查儀器的制冷系統，對風冷制冷的PCR儀要較地清理反應底座的灰塵；對其他制冷系統應檢查相關的制冷部件。
4.一般情況如能采用溫度修正法糾正儀器的溫度時，不要輕易打開或調整儀器的電子控制部件，必要時要請人員修理或利用儀器電子線路詳細圖紙進行維修。
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