實驗結束后應該對操作臺面，儀器，實驗用具及環境進行清潔，這對污染的控制尤為重要。
1、實驗后所有的試劑按照要求進行存放，廢料和廢液及時清理，避免存放過多和過久，廢液缸用有效氯含量為2000mg/L消毒水浸泡消除核酸污染；
2、離心管架、試管架等可重復使用的物品浸泡到500mg/L 的消毒液中過夜，第二天用清水清洗后晾干使用；
3、對各區的生物安全柜、潔凈工作臺先用75%酒精或者500mg/L 的消毒液擦拭后采用紫外燈進行消毒處理；
4、配制含有效氯500mg/L的消毒液對設備表面、臺面、地面、物品表面、傳遞窗內及門窗進行擦拭，再用純化水對設備表面、臺面、進行擦拭，避免消毒液對實驗器具的腐蝕，儀器如核酸提取儀采用內部紫外消毒程序進行照射；
5、操作臺面使用移動紫外消毒車近距離輻照1小時，應使燈管距離工作區的距離在60-90cm；實驗室內則使用室內紫外燈整晚輻照。
PCR實驗室中的氣溶膠污染來源于兩個過程：樣本制備過程和PCR擴增過程。
在樣本制備過程中，樣本液體面與空氣摩擦就可形成氣溶膠，在操作時比較劇烈地搖動反應管、開蓋時、吸樣時及加樣器的反復吸樣都可能形成氣溶膠而污染；PCR擴增過程可以引起實驗室中擴增產物的累積，通常一次典型的PCR擴增可以產生109拷貝的靶序列，如果氣溶膠化，甚至的氣溶膠都會含有106拷貝的擴增產物。
如果不加以控制，在短期內累積的氣溶膠化擴增產物就會污染實驗室中的試劑、儀器設備和通風系統，造成嚴重的實驗室污染，導致檢驗樣本出現假陽性結果，使臨床做出錯誤的判斷和決策，進而引發后續一系列的事故和恐慌。
PCR擴增檢驗實驗室原則上分為四個單獨的工作區域：試劑貯存和準備區、標本制備區、擴增反應混合物配制和擴增區、擴增產物分析區。為避免交叉污染，進入各個工作區域必須嚴格遵循單一方向進行，即只能從試劑貯存和準備區→標本制備區→擴增反應混合物配制和擴增區→擴增產物分析區。 各實驗區之間的試劑及樣品傳遞應通過傳遞窗進行。
臨床PCR實驗室設計的“16字口訣”：各區獨立、注意風向、因地制宜、方便工作。
(1)在物理空間上，必須是完全相互獨立的，各 區域無論是在空閑還是在使用中，應始終處于 完全的分隔狀態; (2)不能有空氣的直接相通。
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