1、試劑儲存和準備區。貯存試劑和用于標本制備的消耗品等材料應當直接運送至試劑貯存和準備區，不能經過擴增檢測區，試劑盒中的陽性對照品及質控品不應當保存在該區，應當保存在標本制備區；
2、標本制備區。由于在樣本混合、核酸純化過程中可能會發生氣溶膠所致的污染，可通過在本區內設立正壓條件，避免從鄰近區進入本區的氣溶膠污染。為避免樣本間的交叉污染，加入待測核酸后，必須蓋好含反應混合液的反應管。對具有潛在危險性的材料，必須在生物安全柜內開蓋，并有明確的樣本處理和滅活程序；
3、擴增區。為避免氣溶膠所致的污染，應當盡量減少在本區內的走動。必須注意的是，所有經過檢測的反應管不得在此區域打開；
4、擴增產物分析區。本區是的擴增產物污染來源，因此必須注意避免通過本區的物品及工作服將擴增產物帶出。廢液及用過的吸頭必須收集至HCl中，不能在實驗室內傾倒，浸泡后再放到垃圾袋中按程序處理。由于本區有可能會用到某些可致基因突變和有毒物質如化乙錠、酰胺、甲醛或性核素等，故應當注意實驗人員的安全防護；
5、注意物品流向，依次為：試劑準備區、樣本制備區、擴增區、產物分析區，不可逆行；
6、試劑準備區、樣本制備區和擴增區內的實驗用品應，并設置不同的標識、顏色等予以區分。
1、清理廢液缸并且對廢液缸用有效氯含量為 2000mg/L 消毒水浸泡消除核酸污染；
2、用有效氯含量為 2000mg/L 消毒水對移液進行擦洗，關鍵部位為移液前端易污染部位，清潔干凈后用潔凈水再擦拭一遍；
3、將離心管架、擴增管架、擴增管架底板、吸嘴盒及其他相關物品用有效氯含量為 500mg/L 的消毒水浸泡 2 小時后，用清水沖洗干凈晾干后使用；
4、對污染區域內的設備如擴增儀、全自動提取儀等，使用核酸氣溶膠污染清除劑進行反復處理；對生物安全柜等含有空氣過濾系統的設備，需更換過濾網；
5、用有效氯含量為 500mg/L 的消毒液對整個實驗室（地板、墻面、天花板、門、窗戶等地方）進行清潔，并且用用有效氯含量為 1000mg/L的消毒水對實驗室進行噴霧消毒(重點部位為操作區)，有效降解空氣中的氣溶膠與附著在實驗臺表面的核酸污染；同時加大通風量（內循環無用，盡可能外循環）；
6、待污染區域及設備器件清理完成后，常用設備和操作臺面使用移動紫外消毒車近距離輻照1小時；實驗室內則使用室內紫外燈整晚輻照。
步驟1- 6 必須堅持每天進行，確保消除實驗室污染；
PCR擴增檢驗實驗室原則上分為四個單獨的工作區域：試劑貯存和準備區、標本制備區、擴增反應混合物配制和擴增區、擴增產物分析區。為避免交叉污染，進入各個工作區域必須嚴格遵循單一方向進行，即只能從試劑貯存和準備區→標本制備區→擴增反應混合物配制和擴增區→擴增產物分析區。 各實驗區之間的試劑及樣品傳遞應通過傳遞窗進行。
臨床PCR實驗室設計的“16字口訣”：各區獨立、注意風向、因地制宜、方便工作。
(1)在物理空間上，必須是完全相互獨立的，各 區域無論是在空閑還是在使用中，應始終處于 完全的分隔狀態; (2)不能有空氣的直接相通。
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