負壓隔離病房的特殊性在于它是“隔離” 的病房，且“ 隔離”是處于“ 負壓” 的狀態下。且病房要求相對密閉、舒適、潔凈，具備 ICU 病房的搶救功能。其設計復雜，施工難度大 , 投資及運行維護費用高 。
1、功能分區
為了確保負壓隔離病房的“隔離” 實現，負壓隔離病房要采取嚴格的功能分區和流程，醫護人員、、物流都必須按照單向流程活動。醫護人員與 、清潔物資和污染物品都有各自的獨立出入口和嚴格的流經路線 。負壓隔離病房按功能要求設置四個區域：工作人員生活區(清潔區) 、工作區（半污染區）、病房區（污染區）、設備區（空調排風機房）。并要求按“ 五室二緩” 來進行建筑平面布局。各區既獨立又相連接，連接處設緩沖區，并由隔離門進行隔離 。
2、負壓差 、定向流 、壓力梯度
在進行合理分區的基礎上，就要進一步采取措施使隔離病房處于“負壓”的狀態，使各區之間形成一定的負壓差，既讓污染區的空氣壓力低于非污染區的空氣壓力，空氣經有序的氣流組織 一一定向流，按一定壓力梯度，經清潔區、半污染區、污染區再經有效過濾、消毒后排至室外。使病區外的地方不會被污染，保護醫務人員免受 。
3、全新風運行
根據需要負壓隔離病房要采取大新風比直至全新風的運行方式，以適合SARS、甲型等性強的呼吸道疾病 。
負壓隔離病房內住的是致病菌發生源的，隔離的目的是防止空氣致病菌排至室外影響環境和致病菌給進入病房的醫護人員。處于自身散發、呼出、咳嗽等產生的含菌氣溶膠的包圍中，所以像美國等國外標準允許１間病房住２位同類，改建的可住４位。怎樣防止病房內的含菌空氣對環境和室內人員的危害呢？
有一種意見是采用全新風。但有研究指出，隔離病房采用全新風不是一個必要條件。
送風采用全新風就要求全排風，過去沒有過濾器時要求向室外高空排放，這樣做的依據是高空排放完全不會或影響被吸入的新風，所以可采用全新風。但是含有危險性疾病的微生物排至室外是對環境的破壞。后來要求經過濾器后全排風。
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