1、實驗應在超凈工作臺或者生物安全柜內進行；
2、實驗的過程中選擇尺寸的手套并能及時更換，在進出不同實驗區域或進行模板操作后都應更換實驗服、口罩、帽子及手套，以避免不同實驗區交叉污染；
3、裝有PCR試劑的反應管在打開之前應先瞬時離心，將管壁及管蓋上的液體離至管底，降低污染手套或加樣器的風險；謹慎開啟反應管，防止管內液體濺出或形成氣溶膠導致污染；需要高溫加熱的樣本，可采用封口膜進行PCR管蓋密封，避免管蓋應受熱而發生彈開；
4、吸加試劑和模板的操作應嚴格按照規范要求進行，遵守“慢吸快打”原則，盡量一次性完成，忌多次抽吸，以避免氣溶膠產生的交叉污染；
5、PCR試劑建議小量分裝，以減少反復凍融、重復取樣次數和反復使用過程中的試劑污染；多樣本PCR反應時，先配制反應混合液分裝至反應管中，加入樣本核酸，請勿同時開蓋，盡量保證單人單管，實現完全閉管操作；
6、實驗試劑應與樣品和PCR產物分開保存，不應放于同處；
7、PCR擴增實驗完成后及時將反應管取出，用一次性手套或者塑封袋將產物反應管包裹丟棄，保證管蓋緊閉；
8、實驗室自配試劑（去離子水、緩沖液等）和所有使用器具在使用之前均應高壓滅菌或紫外殺菌，尖、反應管等實驗耗材應一次性使用。
PCR擴增檢驗實驗室原則上分為四個單獨的工作區域：試劑貯存和準備區、標本制備區、擴增反應混合物配制和擴增區、擴增產物分析區。為避免交叉污染，進入各個工作區域必須嚴格遵循單一方向進行，即只能從試劑貯存和準備區→標本制備區→擴增反應混合物配制和擴增區→擴增產物分析區。 各實驗區之間的試劑及樣品傳遞應通過傳遞窗進行。
臨床PCR實驗室設計的“16字口訣”：各區獨立、注意風向、因地制宜、方便工作。
(1)在物理空間上，必須是完全相互獨立的，各 區域無論是在空閑還是在使用中，應始終處于 完全的分隔狀態; (2)不能有空氣的直接相通。
1.實驗室空調通風系統設計及壓力控制
PCR實驗室并沒有嚴格的凈化要求，但是為避免各個實驗區域間交叉污染的可能性，宜采用全送全排的氣流組織形式。同時，要嚴格控制送、排風的比例以保證各實驗區的壓力要求。
2.污染的預防與控制
PCR實驗室設計的問題是如何避免污染。在實際工作中，常見的有以下幾種污染類型：擴增產物的污染；天然基因組DNA的污染；試劑的污染以及標本間的污染。由于一旦發生污染，實驗就必須停止，直到找到污染源為止，而且實驗結果必須作廢，需重新進行實驗。所以發生污染后再圍繞實驗室來尋找污染源不但耗時而且繁瑣，浪費人力物力。因此要避免污染，首先應是預防，而不是排除。
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